6 erreurs fréquentes dans les figures BioRender (et comment les corriger)

Introduction

BioRender a réglé un vrai problème. Avant, dessiner une cellule, un récepteur ou une souris prenait une heure à qui n’était pas graphiste. Aujourd’hui, la bibliothèque est là, les icônes sont justes, le style est propre, et une figure sort en vingt minutes. Je ne vais pas faire semblant que c’est un mauvais outil : pour les éléments, c’est le meilleur du marché.

Ce que l’outil ne fournit pas, c’est l’assemblage. Choisir ce qui ressort, dans quel ordre on lit, ce que chaque couleur veut dire, à quelle taille le texte sera lu : tout cela reste à votre charge. Vous devenez compositeur·ice d’une figure sans l’avoir demandé, avec des éléments si réussis individuellement que le résultat paraît fini alors qu’il ne l’est pas.

Je vois passer beaucoup de figures BioRender, dans les manuscrits que l’on me confie et dans les diagnostics que je réalise. Les mêmes problèmes reviennent, et ils ne tiennent presque jamais aux icônes. Voici les six que je rencontre le plus souvent, dans l’ordre où ils apparaissent quand on construit une figure : d’abord trop d’éléments, puis pas de chemin, puis des couleurs et des labels qui n’aident pas, et enfin une figure jamais testée dans ses conditions réelles de lecture.

1. Trop d’éléments, aucune hiérarchie

Le symptôme est facile à reconnaître : tout est à la même taille, au même poids, au même niveau de détail. La membrane est aussi travaillée que la protéine qui porte votre résultat. L’œil ne sait pas où aller, alors il va partout, puis il décroche.

La cause est propre aux bibliothèques. Chaque icône est belle seule, donc on a envie de la mettre entière, avec ses ombres et ses textures. Et comme tout est disponible, on ajoute le noyau, le réticulum, les mitochondries, parce qu’ils existent, pas parce qu’ils servent le message.

La correction tient en une règle : un élément principal, deux niveaux au maximum. Ce qui porte le message est grand, détaillé, en couleur. Le contexte est plus petit, simplifié, grisé ou en contour. Ce qui n’appartient à aucun des deux niveaux sort de la figure. Dans BioRender, cela veut dire souvent remplacer une icône détaillée par sa version « outline », ou la supprimer.

2. Pas de parcours de lecture

Une hiérarchie dit quoi regarder. Elle ne dit pas dans quel ordre. C’est le deuxième manque le plus fréquent : des flèches qui partent dans tous les sens, un point de départ introuvable, une étape 3 placée au-dessus de l’étape 1 parce qu’il restait de la place.

Une figure se lit comme un texte : de haut en bas, ou de gauche à droite. Choisissez un sens et tenez-le. Les flèches viennent ensuite, pour confirmer un ordre déjà lisible dans la disposition, jamais pour le compenser. Si vous avez besoin de plus de quatre flèches pour qu’on s’y retrouve, le problème est dans la disposition, pas dans les flèches.

Dans BioRender, les flèches de la bibliothèque ont toutes le même poids visuel. Pensez à les hiérarchiser aussi : la flèche qui porte le mécanisme central est plus épaisse, les flèches de contexte sont fines ou en pointillé. Une flèche courbe qui traverse toute la figure est presque toujours le signe d’un élément mal placé.

3. Couleur décorative au lieu de couleur porteuse de sens

Le parcours est posé. Reste à savoir ce que chaque couleur signifie, parce que la personne qui lit, elle, va chercher un sens. Si le récepteur est bleu, l’inhibiteur orange et la cellule voisine verte, elle supposera que ces trois couleurs disent quelque chose. Si elles ne disent rien, elle aura dépensé de l’attention pour rien.

C’est l’erreur que la bibliothèque encourage le plus : chaque icône arrive avec sa couleur d’origine, et une figure de douze éléments finit avec douze teintes. Le résultat est gai, et illisible.

La correction : une couleur égale une famille d’objets, ou un état. Par exemple, une teinte pour ce qui est activé, une pour ce qui est inhibé, et du gris pour tout le reste. Trois couleurs dominantes suffisent presque toujours, nuances comprises. Dans BioRender, recolorer une icône se fait en deux clics ; recolorer toute la figure en gris, puis remettre la couleur seulement là où elle signifie quelque chose, est l’exercice le plus rentable que vous puissiez faire. J’en détaille les principes dans mon article sur les bonnes pratiques.

4. Labels trop nombreux et trop petits

La peur de ne pas être compris·e pousse à tout étiqueter. Chaque organite, chaque flèche, chaque molécule reçoit son nom, souvent en 6 points, parfois dans deux polices différentes parce qu’un label a été copié d’une autre figure. À taille finale, rien n’est lisible, et la figure ressemble à une carte routière.

Trois corrections, par ordre d’efficacité :

• Étiquetez ce qui compte. Les éléments de contexte n’ont pas besoin de nom ; s’ils en ont besoin, c’est peut-être qu’ils ne sont pas du contexte.
• 8 points minimum à taille finale, une seule police, une seule couleur de texte. Les abréviations se déplient dans la légende, pas dans la figure.
• Un label se place une fois. Si le même nom apparaît trois fois, c’est que la disposition sépare des choses qui devraient être groupées.

5. La figure ne tient pas en niveaux de gris

Les erreurs 3 et 4 ont un juge impartial : la version grise. Une figure dont le sens repose entièrement sur la teinte s’effondre à l’impression en noir et blanc, et devient confuse pour les 8 % d’hommes daltoniens, qui sont aussi vos relecteur·ices.

Le test est simple. Exportez en PNG, ouvrez l’image dans Aperçu, Photoshop ou un simulateur en ligne, et passez-la en gris. Si deux éléments que vous distinguiez par la couleur deviennent identiques, le problème est réel.

On le corrige sans renoncer à la couleur : on varie la luminosité (un bleu clair et un orange foncé restent distincts en gris, un rouge et un vert de même intensité ne le sont pas), on ajoute une différence de forme ou de contour, ou un motif. Les palettes et outils de test sont dans la section accessibilité de mon article sur les figures.

6. Jamais vérifiée à sa taille réelle

Dernière étape, la plus oubliée : la figure a été construite plein écran, sur un moniteur de 27 pouces. Elle sera lue dans une colonne de revue de 9 centimètres de large, ou sur un téléphone.

Les largeurs varient d’une revue à l’autre, mais les ordres de grandeur sont stables : 85 à 90 mm pour une colonne simple, 180 à 190 mm pour une double. Une figure conçue pour une page entière et réduite d’un facteur trois perd ses labels, ses flèches fines et ses contrastes subtils.

La vérification prend cinq minutes. Exportez au format demandé par la revue, ouvrez le PDF à 100 % de zoom, ou imprimez la page à taille réelle. Ce qui n’est pas lisible dans ces conditions ne le sera pas pour les relecteur·ices. Mieux encore : fixez la largeur de votre figure dès le départ dans BioRender, et travaillez dedans.

Et avec Leo, l’IA de BioRender ?

BioRender propose depuis peu un générateur de figures complètes, Leo : vous décrivez votre mécanisme en quelques phrases, l’outil assemble les icônes de la bibliothèque et vous rend une figure dans le style BioRender. C’est une option payante, qui s’ajoute à l’abonnement (420 $ par an pour un compte académique individuel, ou 39 $ par mois sans engagement). Le plan gratuit, lui, ne donne toujours pas le droit de publier.

Mon avis, à la lecture des figures qu’il produit : Leo règle le problème du temps, pas celui du jugement. Il produit en trente secondes une figure qui présente les six erreurs ci-dessus, parce qu’il assemble les mêmes éléments avec les mêmes réflexes : tout détaillé, tout coloré, tout étiqueté, à une taille qu’il ignore. Vous gagnez le quart d’heure de placement. Vous gardez entièrement le travail de tri, de hiérarchie et de vérification. Et il ne connaît pas votre mécanisme : une interaction mal décrite dans le prompt sera dessinée avec assurance.

Pour un panorama des outils d’IA et de leurs limites, voir la section dédiée de mon article sur les logiciels. Et si votre figure est un graphical abstract, les règles sont plus serrées encore : mon guide dédié les détaille.

Checklist avant de soumettre une figure BioRender

• Un élément principal se détache au premier regard
• Le sens de lecture est unique, lisible sans flèche superflue
• Chaque couleur a un sens, trois dominantes au maximum
• Les labels sont lisibles à 8 points minimum à taille finale, en une seule police
• La figure reste compréhensible en niveaux de gris
• Elle a été vérifiée à la largeur de colonne de la revue
• L’usage éventuel de Leo ou d’une autre IA est déclaré